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jQueryのanimateは.delay()を使えば実行を遅らせることができますが、addClassには.delay()は効きません。時間をおいてaddClassを実行させるのなら、.queue()と.dequeue()を使ってみましょう。
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sample.js
$(function() {
$('div').delay(1000).queue(function() {
$(this).addClass('active').dequeue();
});
});
これは、<div>に対して「active」というclassの付与の実行を1秒間遅らせる記述です。